يسير ملتقى القران الكريم منذ نشأته وفق عدة برامج مدروسة،  ومع ازدياد أعداد الطلبة الملتحقين في الملتقى واختلاف شرائحهم، بقيت هذه الخطط تراعي جميع شرائح الطلبة بمختلف قدراتهم وانشغالاتهم، فقام الملتقى  بوضع نظام جديد للحفظ ‏وفق عدة مستويات لتتناسب كمية الحفظ مع همة الطلاب الملتحقين، فما يكون صعبا على البعض يوفر الملتقى له  برامج أخرى أسهل تناسبه.

وأهم ما في هذه البرامج جميعها أن الطلبة بعد حفظهم عددا من الاجزاء على يد مشرفيهم الطلبة، يتقدمون الى امتحانات عند ثلة من أعضاء الهيئة التدريسية في  كلية الشريعة لما في الامتحانات -سواء في كل جزء أو في كل 5 أجزاء- من أهمية في اختبار الطلبة والتأكد من سلامة حفظهم.

 ويضمّ ٤ برامج مختلفة، يختار منها الطالب ما يناسبه: