عبّر الدكتور الكيلاني عن عميق حزنه لما تعرض له المسجد، مؤكدًا أن "أماكن العبادة يجب أن تبقى مصونة ومحمية، فهي بيوت الله، وأي اعتداء عليها هو اعتداء على القيم الإنسانية والدينية المشتركة بين البشر جميعًا، بمختلف أديانهم ومعتقداتهم".

وأضاف: "الإسلام دين رحمة وتسامح، وقد أمرنا باحترام بيوت العبادة جميعها – من مساجد وكنائس ومعابد – لأنها محاضن للإيمان والسلام، ولا يجوز المساس بها تحت أي ذريعة".

وفي لفتة تقديرية، أشاد الدكتور الكيلاني بموقف أبناء مدينة نابلس، الذين سارعوا إلى التكاتف والتبرع لإعادة إعمار المسجد، قائلاً: "ما شهدناه من نخوة أهل نابلس ليس غريبًا على هذه المدينة الأصيلة، فهبّتُهم لإعمار المسجد كانت تجسيدًا حقيقيًا لمعاني الانتماء والوفاء، ودليلًا على أن شعبنا، رغم الجراح، لا يزال متمسكًا بمقدساته وبهويته الحضارية".